Hola Gonzalo, la pregunta que haces es muy general, pero tratare de responder lo que entiendo es tu duda:

1. Tener alguna cuenta funciona en alguna pasarela como 2checkout, DirectoPago, Stripe, etc.
2. Integrar esa pasarela a tu WHMCS, de esa forma tu cliente podrá pagar en linea directo desde su área de cliente
3. Si alguna vez necesitas generar un link de cobro directo lo puedes hacer dependiendo de la pasarela. Por ejemplo pasarelas como DirectoPago o PayPal te dejan generar un link que puedes enviar a tu cliente para que pague sin entrar a su área de cliente
4. Recuerda que si vas por la opción 3, necesitaras luego procesar a mano en tu WHMCS

Si tu pregunta va por otro camino, por favor detalla un poco mas.

Quedo a tus ordenes